NTPはクライアント側のローカルに持っているハードウェアクロックとNTPサーバ側の時刻情報をしばらく比較した後に、NTPサーバ側がクライアントをrejectするかどうか決めるようである。その時にクライアント側のハードウェアクロックがあまりにも精度が悪いとサーバとの距離が遠いと判断されてflash=400 peer_distとしてrejectされる。jitterの値も1198.290と非常に高い。
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ハードウェアクロックはm75sだとtsc, hpet, acpi_pmの中から選べる。tscが一番精度が高いのでtscがデフォルトになっているようである。ただm75sではtscの精度が悪く、実際の時間に比べてめちゃくちゃ進むのが遅くてNTPサーバから距離が遠いと判断されてしまうようだ。hpetだと問題なく同期できるようになるのでkernelの起動パラメータにclocksource=hpet
を設定する。
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hpetに変更後は下記の通りNTPサーバと同期できるようになった。
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kernel 4.19.84-2.el7.nutanix.20190916.276.x86_64ではtscで同期できなかったが、5.8.0-55-genericでは特に問題なくデフォルトのままで同期できた。kernelのバグかもしれない。